O Ensino Básico, em nível médio, visa ao preparo intelectual do aluno para o ingresso na EN. O Currículo das disciplinas do Ensino Básico (Matemática, Português, Inglês, Física, História, Geografia, Química, Biologia e Informática) deverá observar o conteúdo e a carga horária exigidos pela legislação federal relativa ao Ensino Médio, para fins de equiparação e equivalência, bem como conter as disciplinas necessárias para o acompanhamento do Curso de Graduação na EN.

Durante o Curso, os alunos estarão sujeitos ao cumprimento de normas que estabelecerão o rendimento mínimo e as condições exigidas para a aprovação e posterior aproveitamento, dentro do número de vagas disponibilizadas para ingresso no primeiro ano da Escola Naval, estando prevista a realização de exames eliminatórios de saúde e físicos. Tais normas deverão ser de conhecimento dos alunos, estando sujeitas à alteração no decorrer do Curso, conforme as necessidades da Administração Naval.

O Ensino Militar-Naval (Instrução Militar-Naval e Educação Física) tem por finalidade desenvolver nos alunos os atributos morais e cívicos, bem como a sua aptidão física e transmitir conhecimentos militares-navais mínimos necessários para despertar e, progressivamente, aumentar a motivação pela carreira naval.

Estudar no Colégio Naval é totalmente gratuito além de ser proporcionado ao aluno alimentação, uniforme, vencimentos e assistência médico-odontológica, psicológica, social e religiosa.